港口物流企业是至少从事一种与港口物流有关的运输(含运输代理、货物快递等)或仓储经营业务，并能按照客户的物流需求对运输、装卸、仓储、流通加工、配送、报关等基本功能进行组织和管理，具有与其自身相适应的信息管理系统，实行独立核算、独立承担民事责任的经济组织。

在现代港口物流系统中，由于货物种类繁多，运往的地点不同，因此出口等待装船的货物事先要在港口不同仓库、堆场进行集中和组合;进口货物抵港卸载，许多货物来不及由铁路、公路或水路中转出去，这些货物也需要在港口进行短暂的储存。

提供运输、仓储和中转业务的企业一般均拥有自己的中转仓库，在为货主提供运输服务的同时，也为货主提供短期的仓储服务，提供临时、简单的中转、集货、分货服务。